核酸（DNA、RNA）-蛋白间的相互作用是细胞信号通路和调控的关键环节，涉及基因的转录和调控，DNA的复制和修复，DNA的重组和包装以及染色质和核糖体的形成等。能够与DNA、RNA相互作用的蛋白质称为DNA/RNA结合蛋白，它们对于研究疾病产生的原因和药物设计靶标至关重要。SPR提供高质量的亲和力数据能够帮助科学家确认蛋白-核酸相互作用，发现结合位点和结合面构象，筛选结合组件。
同时，SPR也在核酸适配体，核酸药物靶点研究中获得广泛应用。
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